尊经阁位于大成殿之北，原名“奎文阁”，“奎”是星名，是中国古代天文学中二十八宿之一，为西方白虎之首，有星16颗，屈曲如钩，犹如文字，称为“奎宿”，后被称为主宰文章兴衰的神，并演化为文官之首。“奎文阁”之名，喻意孔子为天上的“奎星”。尊经阁是古时候收藏阅览儒家诸子著作的场所，其所藏之书供县学诸生阅读，故又名“藏书楼”。始建于明天启四年（1624），清乾隆七年、道光七年先后修葺。整幢建筑为重檐歇山式砖木结构，五楹，上下十间，两层飞檐，四垂斗栱；四周回廊，窗棂爽敞。其地基长18.65米，宽14.4米，占地面积268.56平方米。尊经阁内现布展“崇明民俗”陈列.